官合议，暂停军令官地职务，由掌旗官暂领。
军务司，负责各部队、各兵种装备的采购和品质检查和监督。北府陆、海军所有军械武器的生产都掌握在陆军部和海军部手里，但是各分驻部队和兵种用什么兵器，如何配置都是由军务司编制和决定。它会同各分驻部队地军事主官和军务官，一起在两军部下属的兵工军械厂中进行装备的招标采购，以后后续列装、维护等“质量监督”。
军训司，负责各部队的日常训练，以及各部队训练成果的考课。
军情司，负责有关军事情报的收集，接管了以前的探马司职权，而侦骑处却被划归陆军部管理。军情司还要负责对各地地形进行测绘，绘制成地图，提供给各部队作战使用；以及对各地天文水利、民风民俗等民情进行调查，收集整理后提供给各部队使用。
各军司的主官是都承事一名，副职设副都承事两名。
按照草案，枢密院下属的各部门除了军法署外是不能设分支机构，尤其是做为作战指挥中枢的军机参谋署。军法署却是以派驻各级军法庭的方式分设机构，但是这种机构却不是各部队的正式编制，只是以巡回暂驻的方式处理事务。
其余五司只是以派出各司军官到各级部队的形式行使职权。而各司的派驻军官必须由陆军部和海军部正式任命，成为该部队军事主官的配属军官，而他们的考课由上一级的军事主官和属司军官一起负责，上汇到枢密院各军司，再由各军司通过陆军、海军两部进行调迁升降。
北府“中央”机构基本上确定了，接下来该地方军政机构配置了。
按照草案。地方分州、郡、县三级地方官制。
在行政方面，州设刺史一名，按州的大小和辖民多少为正四品上、下，与各部军司地侍郎、都承事相当。州刺史府按照尚书行省分部的模式分曹治事，共有吏、户、礼、工、商、农、治、民政、法九曹，其中前八曹和尚书行省对应的各部职权大致，而法曹却要小很多，除了管理巡警治安、牢狱囚徒外还主要负责对百姓进行“法制宣传”。各曹主官是长史。和刺史的副职－两名别驾一起组成州刺史的佐官。
郡设郡太守一名。官阶分正五品上、下。与州曹长史相当。也分设九曹对应治事，但是他们的权限小了许多。郡曹主官是典史，与两名给事中同为郡守的佐官，左右给事中正是郡守的副职。
县设县令一名，官阶分正七品上、下，与郡曹给事中相当。副职是县丞一名，治事曹也分九曹。主官是主薄。
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