嘉平二年（250年），担任尚书。不久后出任荆州刺史，加扬烈将军，跟随征南将军王昶讨伐孙吴。王基在夷陵率领一路兵马袭击步协，吴将步协紧闭城门固守。王基假装摆出进攻的架式，其实则分兵袭取雄父粮仓，缴获粮食三十余万斛，擒获孙吴安北将军谭正，接收降民数千口，他把这些降民安置到夷陵县。战后，王基因功被赐关内侯爵。王基又上表劝王昶将江夏作为首脑之地，紧逼夏口。从此，吴军就不敢轻言渡江了。他申明礼仪制度，整顿军队秩序，恢复学校教学，南方士人无不称赞。当时朝廷商议准备大举伐吴，下诏命王基商量如何进攻。
王基说：“如果出兵而不能打胜，不仅威风丧尽，而且还耗费财用，因此出兵必须准备充分才行。如果不准备开通河道，聚积粮食，修建战船，即使陈兵江北，也不会形成必渡之势。今江陵有沮水、漳水，灌溉良田数以千亩。安陆左右，也有沃野良田。如果水陆并以农业为主，准备充分的储备，然后率大军攻向江陵、夷陵，分别占据夏口，沿沮水、漳水运输粮食。敌人知道我有坚锐的装备和充足的储备，能长久占据优势则依据天险顽固坚守的信念必然变得沮丧，弃暗投明的人会越来越多。这时再联合东吴的蛮夷从其内部攻击。大军再分部征讨，则夏口以上各据点一定可以攻下来，长江之外的州郡也都守不住了。这样一来，吴、蜀的交通断绝，两国无法联合，东吴也就成为瓮中之鳖了。否则的话，这时出兵未必有利。”于是朝廷打消了出兵的念头。
出谋划策
主词条：淮南三叛
嘉平四年（252年），司马师执掌朝政，王基上书劝戒说：“天下很大，政事很杂，您就不能不兢兢业业，夜以继日。如果志尚淳正，就不会滋生各种邪念；如果心地纯静，就不会感到众事嘈杂。深思熟虑，教令就不会繁杂；重用贤能、优良之士，远近都会臣服。因此，要使远方各族团结协同一心，全在于阁下如何行动；要使民众平定，也全在于您如何用心。许允、傅嘏、袁侃、崔赞等都是正直之士，有端直的品质，没有流变的坏心，可以任用他们。”司马师采纳了他的意见。与州泰、邓艾、石苞分别主管州郡事务。
王基
正元元年（254年），高贵乡公曹髦登基，进封王基为常乐亭侯。
正元二年（255年），毌丘俭、文钦起兵反对司马氏，朝廷任命王基为行监军、假节，统领许昌军队，正好与司马师的军队在许昌会合。司马师问王基：“您看毌丘俭等会怎么样呢？”王基
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