数百名侍卫仓皇逃回毅王府，与毅王汇合，然后纠集仅剩的侍卫们借助厚实的护墙，准备负隅顽抗。
新军总制白绘带兵将毅王府团团围住，然后请旨宫内，示谕如何处置。
未几，皇太后下发懿旨，命令立即攻入毅王府，务必要擒下谋逆篡位之首--毅王。
当两门火炮被推到了毅王府大门，仅轰击数轮，便将府门破开，新军官兵们随即蜂拥杀入王府，争相抢立首功。
然而，毅王孙征淇却在内室拔刀自裁，唯有世子畏死，被官兵擒下，王府侍卫泰半被戮，余者皆束手就擒。
随后两个多月，整个朝堂及周边数十个府县，经历了一场浩大而残酷的清洗。
毅王孙征淇虽然畏罪自裁，但仍被枭首示众，毅王世子及毅王妻妾、诸子女亲属均被判斩立决。主动附逆的军镇、新军三百余军官将领被判满门抄斩，附逆普通官兵、侍卫、太监、杂役计一万三千余，皆杖五十后，徒流西北、乌斯藏，以及辽东等地，遇赦不免。
内阁首辅、华盖殿大学士杜远兴，内阁群辅、文华殿大学士徐德炎，被迫致仕荣休。
刑部尚书宋正扬、刑部左侍郎岳桂成、都察院右都御史靳彦志、左副都御史郝圣良、吏部左侍郎尹继安、户部右侍郎艾高远、太仆寺卿谈伯祥、常州府知府卓维铭、太平府知府时俊瑞、扬州府知府施先才、镇江府知府唐兴裔、徐州府知府周敬德等四十多名五品以上高官被革职拿问。
而宫内的司礼监、内宫监、御马监等八个监，钟鼓、混堂两个司，兵仗、银作、司苑等三个局，近六百余太监、杂役被锁拿锦衣卫诏狱，在一番严加拷问后，积极主动附逆者皆斩，余者皆徒流西北。
内阁次辅、文华殿大学士杜思谦擢升首辅、华盖殿大学士，内阁群辅、东阁大学士朱圣杰擢升次辅、文华殿大学士，增补户部尚书佘仁敏、太子少傅楚振轩入阁。
庆阳王、五军都督府右都督冯维武被敕封为冀王，永昌王、新军总制白绘被敕封为豫王，皇城禁卫军统领殷贵昌、京营前营总兵金昌平、京营左营总兵蒋家恒、新军前翼总兵闵成吉、新军后翼总兵侯世恒等十余平叛有功将领被敕封为侯、伯等爵位。
平叛结束后，新君孙宏相正式登基称帝，改元乾元。因皇帝年岁尚幼，暂不能理政，由皇太后代为摄政，至皇帝年满十八岁后，即退隐后宫，交付大政。
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1月16日，松江府，上海县。
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