卫军十二总共十二万七千六百人，运船一万一千七百只，另遮洋总（海军）七千人，海船三百五十只，专职漕粮运输，称为运军。在地方，以府佐、院道和科道官吏及县总书等掌管本地漕事。中央户部和漕府派出专门官员主持各地军、民粮船的监兑和押运事宜。州县以下由粮长负责征收和解运。粮长下设解户和运夫，专供运役。
明初承元之故，以海运为主，河、陆兼运为辅。一由江入海，经直沽口至通州，或径往辽东；一由江入淮、黄河，自阳武县陆运至卫辉府，再由卫河运至蓟州（今河北蓟县）。江南漕运，则由江、淮运至京师南京。以承运者而言，海运为军运，余皆**。雇运权是一种辅助形式。永乐年间因迁都北京，粮食需求日增，而海运艰阻，遂整治大运河，即从杭州湾通往北京的漕河。其办法：一是疏浚会通河，造漕船三千余只，以资转运。二是在运河沿岸淮安、徐州、临清、德州和天津五处建置漕粮仓库，亦称水次仓。
漕运方法历经改革，在明代趋于完善，计有：
①支运法（即转运法）。永乐十三年漕运总兵官陈■推行。规定各地漕粮就近运至淮、徐、临、德四仓，再由运军分段接运至通州、北京。一年转运四次。农民参加运粮即免纳当年税粮，纳当年税粮则免除运粮，其运费计算在支运粮内。**的比重约占支运的四五成。
②兑运法。宣德五年陈■等推行。各地漕粮运至淮安和瓜州，兑与运军转运；河南于大名府小滩兑与遮洋总海运；山东则于济宁兑与军运。军运的费用由农民承担。
次年，始定漕粮“加耗则例”，即按地区的远近计算运费，随正粮加耗征收，于兑粮时交给官军。起初兑运与支运并行，其后兑运渐居优势。
③改兑法（即长运法或直达法）。成化七年漕运都御史滕昭推行。由兑运的军官过江，径赴江南各州县水次交兑。免除农**粮，但要增纳一项过江费用。十一年改淮安等四仓支运粮为改兑。自此，除白粮仍由**外，普遍实行官军长运制度。
为维持漕运，国家规定漕粮全征本色，不得减免，严格限制漕粮改折。只许在重灾、缺船或漕运受阻等严重情况下才实行部分的改折，折征时正、耗各项合计在内。漕运的费用由粮户承担，包括运费、运军行粮及修船费等，均按正粮加耗派征。由于漕政腐败，各级官府贪污聚敛，加耗杂派层出不穷，农民的负担极为苛重，通常为正粮的二三倍，甚至四五倍。承运者无论**或军运，都是繁重的徭役。农民被金点应役，荒时废业，艰苦万
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