漕政，各路转运司（漕司）负责征集，发运司负责运输。北宋对运河进行一系列整治，恢复与完善坝闸制，并创建复式船闸。加之北宋漕线较隋唐缩短近半，故运输能力大增。
汴渠的水源黄河仅有半年左右充沛期。为有效利用半年可航期，北宋仍承唐转般法，并以“平籴”为其基础，江湖、两浙，宿亳（淮南路）米麦，分别籴于真州（今江苏仪征）、扬州和泗州。发运使一员驻真州，督江浙等路粮运，一员驻泗州，负责真州至京师粮运。所在粮仓称转般仓，丰则增籴，饥则罢籴，将当纳粮额折交斛钱（额斛），另从本地仓储中代支起运（代发）；诸路运转司所征漕粮交发运司。若耽误可航期，发运司则以一百万贯的“粜籴之本”，就近趁粮价贱而籴粮起运。此法自熙宁变法以来更趋完善，发运司的本钱从一百万贯渐升，最高达三百五十万贯，除保证六百万石的年运量外，真、泗二仓还有数年储备。江南各路漕船按期至真州等仓后，还可装官盐返航，增加了效益。发运司掌六千只左右漕船，纲运制进一步完善，熙宁二年（1069）又招募客舟与官舟分运，征召一批商船直运至京。宋初东南六路漕米数目不定。太平兴国六年（981）始定岁运江淮税米三百万石，至道初（至道始于995）五百六十万石，大中祥符初（大中祥符始于1008）七百万石，其后渐升，真宗、仁宗朝（1023～1064）因运河设施改善，年运量达八百万石。漕运常额，自景德三年（1006）定为六百万石，自天圣五年（1027）起暂减为五百五十万石。金帛盐茶布等“东南杂运”均由运河运送。另如徐州冶铁，年运数达三十万斤。徽宗、钦宗时政治昏暗，漕政败坏。蔡京废转般法，改直运法；“花石纲”等危害漕运事件屡有发生，故运量渐减。钦宗时汴京被围，汴渠溃决，所入不及常数百一。
南宋漕运体系以临安（今浙江杭州）为中心作重大调整。建炎年间，江浙、湖广、四川粮大多运往沿江重镇及抗金前线，后改运临安，运数大致仍六百万石。诸路中，江西独居三分之一，长江及江南河为运输主干，采取官运为主、商运为辅的方式。
【元】
元都大都（今北京），汴渠也因北宋末年战乱及黄河“夺淮入海”而失效，故大运河中段改南北取直，东移山东；海运兴通，漕运进入新阶段（见元代海运）。
元初漕运大致循唐宋大运河旧道入大都，但因旧运河失修，只能采取水陆联运形式。至元十八年（1218）修凿济州河，引汶、泗水经济州（今山东济宁）西
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