医疗实践的反复验证，由感性到理性，由片断到综合，逐渐发展而成，提出了许多重要的理论原则和学术观点。不仅奠定了中医学理论体系的基本框架，同时，也为后世中医学的不断完善与向前发展提供了可能。《内经》一书不仅是当时医学发展水平的最佳见证，同时，也是现代中医学研究发展的可靠基石。
首先，《内经》一书奠定了人体生理、病理、诊断以及治疗的认识基础。其基本素材来源于中国古人对生命现象的长期观察、大量的临床实践以及简单的解剖学知识。如“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱。“(《素问·经脉别论》)以及“膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣“(《素问·灵兰秘典论》)的记载，是对人体水液代谢过程的形象描述，成为后世治疗水肿病从肺、脾、肾三脏入手的理论基础。现代治疗肾源性水肿、心源性水肿多从调治肺、脾、肾入手，其理论来源显然出自《内经》。再如，“高粱之变，足生大丁，受如持虚“(《素问·生气通天论》)，是指过食关系。再如，《素问·五脏别论》中“气口何以独为五脏主“的观点，即为后世“诊脉独取寸口“的滥觞;《素问·五常政大论》中“大毒治病，十去其六;常毒治病，十去其七;小毒治病，十去其八;无毒治病，十去其九;谷肉果菜，食养尽之，无使过之，伤其正也“的劝诫，成为中医临床遣药用方、养生防病一贯默守的至理名言。
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