可是，泸州卫指挥佥事马应试利用献贼屠城的机会，已经成了泸州城的土皇帝，对朝廷新任命的文官十分不满。卧榻之旁，岂容他人酣睡。于是两者都阴谋利用新官上任，对方缺乏警惕的机会，试图将对方连根拔起，这就是双方产生冲突的根本原因。
俗话说，强龙不压地头蛇，可能在开始天全土司吃了亏，而当地士绅选边站到了马应试一边。土司既痛恨泸州卫的心狠手辣，也贪图当地士绅的财产，所以对泸州卫的军官和当地士绅痛下了杀手。
当然，阴谋论版只是当地民间风传，并无真凭实据支撑，所以当几位德高望重的侥幸逃过一劫的本地士绅听到传言，立即对这种无稽之谈予以了严厉驳斥。几个造谣传谣的屁民因此被官府拿住，打烂了屁股。
官方的正式版见于四川巡抚廖大亨和巡按刘之勃联名领衔上奏朝廷的奏本，也管窥于后来朝廷最终对此事的处分旨意。
根据奏本上的说法，泸州文武冲突的原因是由于泸州卫指挥佥事马应试横行不法，长期在抢劫江上客商。新任泸州判官高登泰为民做主，主持公道，从而引发了马应试的叛乱。马应试父子以利刃挟持高登泰，可巧被一名路过泸州的嘉定州书生和蜀王府的庄户解救。天全土司兵因为首领受伤，凶性大发，将泸州卫武人关押，又杀了与马应试勾结的泸州书生任之才等几家豪绅。
沱江上的失火，经查确系船上一名被羁押的泸州卫军官所为。他为了逃跑，用牙齿取下了船蓬上的灯笼，试图以灯笼里的烛火烧断身后缚绑的绳索。结果绳索没烧断，却将船篷点燃，继而引发了死伤五百余人的大火。
该奏本不仅用文字详细描述了泸州变乱的全部过程，还附上了三份附件：
第一份是泸州上游纳溪知县的遗表。遗表中纳溪知县揭露了泸州卫勾结地方不法豪绅的种种不法行为，痛斥了土司兵的凶悍，颂扬了蜀王府庄丁的仁义和镇抚土司兵的功绩，然后用最长的篇幅和最深沉的感情表达了自己对朝廷的耿耿忠心；
第二份是泸州下游合江知县呈文的抄件。呈文抄件的篇幅极短，只有寥寥数句。内有“兵情急如火”、“民一日数惊”等语。合江知县道，他为了以防万一，已经将县衙迁至县城西北六十余里外有名的天险神臂城（老泸州城）。此地本为南宋抗元名城，与合川钓鱼城齐名。城池位居长江北岸，三面环水，沿崖顶筑城，坚险非常，大可保一县百姓平安。
最后一份是泸州判官高登泰的请罪折。
在此折中，高登
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