3月底一股寒流突袭了莫斯科，死亡率随之骤然下降，叶卡捷琳娜与市政官员就解除了禁令。
然而6月底疫情再度爆发，到了8月疾病席卷了莫斯科全城，在街头巷尾清理尸体的战士纷纷染病身亡，莫斯科的首席医官也告假一个月，以接受治疗。
9月5日，叶卡捷琳娜得知莫斯科人口的日均死亡率已经攀升到了三四百，尸体被丢的满街都是，遍及全城的检查站陷入了瘫痪，全城百姓面临着饥荒的威胁，因为不再有人向城内输送补给品。
所有患者无论性别和年龄，都必须被送入隔离中心。
强制性的预防措施引发了暴动，原本就惊恐不安的莫斯科市民开始认为正是医生和那些药剂给莫斯科带来了疫病，人们开始拒绝服从不得在市场和教堂等地聚集，以及不得亲吻据说能够带来平安的神像之类的禁令。
相反，大家聚集在神像周围，以求得安慰或得救。
坐落在瓦瓦斯基城门的童贞玛丽亚塑像彻底变成了一块磁石。
日复一日越来越多的患者匍匐在这尊塑像的脚下，使这里变成了莫斯科真正的疫情扩散中心。
医生们都十分清楚这种状况，但是没有人有胆量插手干预。
莫斯科的大主教安布罗斯神父受过启蒙思想的熏陶，看到医生们对眼前的局面束手无策后，为了不让人们继续聚集在一起，从而减少感染的几率，安布罗斯神父仰仗着自己作为神父的权威，在夜色的掩护下悄悄地转移了瓦瓦斯基城门口的圣母像。
他相信一旦得知此事为神父所为大家必然会各回各家，疫情中心自然也就消失了。
结果，神父的一片苦心却招惹来一场骚乱。
人群并没有散去，民众被激怒了。
神父逃进了一所修道院，躲藏在一个地窖里，暴民尾随而至，将神父从地窖里拽了出来，将其碎尸万段。
在军队的镇压下暴动终于结束了，其中100人毙命，300人遭到逮捕。
叶卡捷琳娜意识到莫斯科及全城百姓已经失去了控制，贵族纷纷弃城而去，逃往乡下的别墅，工厂和店铺陆续关闭，工人、农奴和城镇农民跟一窝窝的老鼠住在拥挤的木屋里，老鼠的身上寄生着大量携带有病菌的跳蚤，这些人只能听天由命。
9月末，女皇收到莫斯科总督发来的报告，72岁的彼得·萨尔蒂科夫将军在报告中称日均死亡人数已经超过了800人，他也无能为力了，局势完全失控了。
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