三月十五，又在木瓜溪击破张献忠，斩首一千二百人。
到木瓜溪之战结束，张献忠部部众溃散，已经不成建制，麾下大将谋士几乎伤亡殆尽，无奈之下张献忠只能向李自成学习，躲入深山之战，不敢再出山跟官军交战。
杨嗣昌此刻可谓志得意满，张献忠被打的奄奄一息，李自成困守孤山，这两个祸乱大明的巨寇，眼看着就要彻底被剿灭了，崇祯帝也大喜过望，似乎中原流寇已经到了覆灭的边缘。
然而就在这个时候，问题爆发了。
首先便是张献忠虽然遁入了深山，可和李自成一样，跟着他的都是一些绝对忠诚的老兄弟，这些人忠诚，能战，朝廷官军一时难以奈何他们，而左良玉这样的人物收了张献忠的好处一路推诿扯皮就是不肯卖力。
这下，奄奄一息的张献忠不仅没死，反而在山里活得有滋有味的，当地的山民百姓痛恨明朝的暴政苛税，也纷纷为张献忠部提供帮助，指路报信，乃至举家投身义军的比比皆是，这就给官军造成了更大的困扰。
当然比起这些困扰，最令杨嗣昌痛苦的还是他跟左良玉、贺人龙等将领关系的破裂。
起初杨嗣昌觉得左良玉精兵强将可以倚重，于是多有青睐，左良玉的官印在作战中丢失了，杨嗣昌就上表为他请了“平贼将军”的大印，双方的关系也算融洽，左良玉也不负众望打出了玛瑙山大捷给杨嗣昌长了回脸。
然而，玛瑙山之战过后，左良玉便开始推诿不前了，毕竟张献忠出手大方，左良玉也觉得老张是个上好的经验包，不能一棍子打死了，留着老张日后可以反复刷经验升官。
可杨嗣昌显然没有这种觉悟，几次催促之下，左良玉就是不动，杨嗣昌本来就是心胸狭隘的人，哪里能忍受你个武夫蹬鼻子上脸，顿时大怒，便联系兵部尚书陈新甲想要撤换左良玉，以贺人龙代替。
然后喜剧性的事情就来了，陈新甲按照杨嗣昌的意思入禀崇祯皇帝，并向崇祯诉说了左良玉种种不做人的行为，果然让崇祯大为不满，下诏撤换左良玉以贺人龙代之。
可事情办了，杨嗣昌又犹豫了，他突然想起来，临阵换将好像是兵家大忌，何况左良玉多次击败张献忠能力上、军力上、威望上都不是贺人龙能比的，于是他居然上书又要求朝廷撤回诏书......
这一番风骚操作下来，左良玉怒不可遏，老子给你杨嗣昌脸了？居然敢上表阴我？行，你这样玩我，那我也不客气了，张献忠爱咋咋，爷不剿了！
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