有太大阻力，接下来的主要方向，就是严令各地的巡察御史以及锦衣卫，对清丈田亩整个过程要予以密切监督，防止官府中人与士绅暗中勾连，趁机虚报亩数逃脱缴税额度。
在接到便宜行事的圣旨后，因为遇刺之事已是心中窝火的卢象升也不再心慈手软，对于锦衣卫呈报上来的涉案名单一概未加审核，全部按照谋反案同党论处。
接下来的一段时日内，南京府城以及下辖各州县城中，每日都会有被牵连进去的官绅和士绅大户，以及日常与其过从甚密的读书人被押至城中闹市区当众砍头。
谋反大罪的名头下，或许会有无辜之人被牵连进去，但从重从快、借机震慑他人，这是朱由检在圣旨中特意强调过的，秉持着这一宗旨的锦衣卫自然不肯错过立功发财的机会。
这场大规模的杀人立威的行动，自官府年假开始后的第二天开始，直至崇祯十二年正月十二结束，足足持续了近二十天的时间，共有超过两千余人被以谋反同谋处决。
除了广大的平民百姓外，但凡是颇有资产的大户们每日间都在心惊肉跳中渡过，生怕家里会突现锦衣卫的身影。
在这场被后世的历史称作江南肃清案的事件中，除了案犯们大量的财产被一船一船的运往京师外，更是有数不清的商铺工坊、田地酒楼被四海商行收入囊中，使得朱由检的资产再次迎来了爆发性增长。
除此之外，还有一小队神秘人物在不引人注目地情形下介入其中。
这伙人就是以卫生署署正吴有性为首的郎中队伍。
他们是受朱由检委派，从那些满门抄斩的尸首中挑选各个年龄和性别之人，将其秘密运到某个无人知晓的地点进行解剖，借以研究人体内的脏器和结构，为将来的外科手术打下一个良好的基础。
这种事情必须要隐秘。
在极其重视身后事的当下，就算是十恶不赦的罪人，其遗体也是不容他人亵渎的。如果将死人的尸体剖开的消息传扬出去，那经手人的名声可就臭大街了，并且是怎么洗也洗不清的那种。
当朱由检提出此事后，吴有性也是表示了极大的抗拒之意，但经过朱由检耐心劝导，并且以只有深入了解人体结构，将来才能救活更多人的名义实施此事，纠结无比的吴有性才勉强答应了下来。
听从朱由检吩咐，在先行拿一些家畜练过手之后，吴有性总算是心中有了点底气。
在以同样的道理灌输说服下，吴有性还是带着十几名胆大包天的郎中下了江南。
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