西域长史，复平西域，遂以长史行都护之职。
汉朝设立的西域最高行政军事长官。西汉宣帝第二年（公元前68年）派侍郎郑吉屯田渠黎（今新疆尉黎一带），与匈奴争夺东师，使护卫鄯善以西“南道”诸国安全。至神爵二年（前60年），匈奴逐日归降汉朝，郑吉派兵迎之，宣帝又命郑吉监护车师西北方（北道）各国的安全，因总领两道，遂号都护，此后“都护”就成为西汉派驻西域的最高长官的正式官名。西域都护官秩二千石，相当内地郡守，其下设副校尉、丞、司马等属吏。西域都护的设置，保证了丝绸之路的畅通，加强了民族间的团结和经济文化交流，标志西域正式归属中央政权。同时，因其在当地实行屯田政策，也在一定程度上促进了西域农业生产的发展。王莽时期撤除，东汉或设或撤，安帝永初元年（107年）撤除。
唐代初年，唐朝军队在消灭回纥、突厥势力时，向触角伸向西域，除高昌不服统治被消灭以外，西域各国均臣服唐朝政府。不久西域统治交由安西都护府及北庭都护府进行处理，在西域设立了完备的行政体系，将西域划归陇右道，并设立安西四镇作为西域地区的主要城市，唐玄宗开元年间曾设立碛西节度使，统辖安西、北庭两大都护府，自此新疆地区成为唐朝的一部分。安史之乱后，唐朝无力控制西域，西域再次出现半独立政权。直到元朝、明朝以及1759年清朝乾隆时期，中国再次控制了相当于西域的地区，并且于清朝后改名为新疆。从此新疆成为中国的行政区划之一。
1206年，蒙古族杰出领袖铁木真建立蒙古汗国，被尊奉为“成吉思汗”（“拥有四海的君主”）。不久，成吉思汗率军进入新疆，把他征服的地方分封给次子察哈台，建立四大汗国之一的察哈台汗国。四大汗国中，元帝国即元朝居于宗主国地位，元朝皇帝被尊为“大汗”。与此同时，唐朝后期（9世纪中期）起从蒙古高原西迁到今天新疆地区的回鹘人的一支高昌回鹘，除了已经与当地原住民（属于白色人种）以及部分吐番人、契丹人融合，并于10世纪起改信***教并译为“畏兀儿”之外，如今又吸收了蒙、汉、藏等民族成份，逐渐发展为近代维吾尔族。14世纪初期，察哈台汗国开始分裂为东、西两部。东部包括喀什、吐鲁番一带；西部以撒马尔罕为中心，统治帕米尔高原以西地区。今天的新疆绝大部分地区在东察合台汗国统治之下。
明朝建立后，西域即今新疆仍然在东察合台汗国统治之下。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国（1514－16
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