暗中积蓄力量，准备再战。
清军对付这帮游击队还可以，但是可对付不了南京城内的马铖，为了集中力量与马铖对战，多铎在占领南直隶的主要府县后就停止了进攻步伐，这样陈子龙那些不入流的游击队也算死中得活。
就这样南直隶各方势力就形成了一个平衡，在这期间内，杭州的潞王与绍兴的鲁王纷纷监国。潞王因为距离太湖流域近，同时潞王当年还是东林党所属意的接班人，所以南直隶各地的反抗军都倾向拥立潞王登基。
陈子龙也是其中之一，他不知道南京这时还未陷落，陈子龙以为满清已经占领了南京，这样自然血统更
近的潞王就应该接任大明皇帝这个职位，所以陈子龙没怎么考虑就接过了潞王的任命，任命陈子龙担任苏松兵备道。
这时期南直隶相对平静，这时候中国人内斗的老毛病又犯了，潞王与鲁王争夺监国的位置，竟然打了一仗。潞王派出军队渡过钱塘江，在萧山与鲁王的军队打了一仗，竟然还打赢了，鲁王朱以海没办法只好从绍兴跑到了宁波，暂避潞王军的锋芒。
陈子龙知道后上了一道折子，劝潞王与鲁王联合，毕竟现在国破家亡，怎能还同室操戈？不过陈子龙只是一个五品兵备道，对朝政完全没有发言权，他的折子在潞王朝廷中也无人听。
就在潞王与鲁王要再次决战的时候，一个天大的消息传来了。盘踞在南直隶的四十万清军，竟然败退回江北，而那个早已经应该沦陷的南京，竟然还在大明手中。而南京城里竟然还有一个皇帝，这就是马铖父子立的绍武皇帝朱伦奎。
强敌的出现，马上让潞王与鲁王握手言和，准备一起对抗朱伦奎。这时候的陈子龙还不知道是自己的好友打败清军，陈子龙看到清军退却，苏州城防备空虚，他就带着几百太湖游击队兵不血刃的占领了苏州，有了功劳自然也就被潞王委任为苏州知府。
成为苏州知府后，陈子龙才得知南京的详细消息，原来南京城并没有被清军占领，皇帝朱由崧逃跑后，城内的文武百官马上拥立了新皇帝朱伦奎，成为朱由崧的合法继承人。
陈子龙接到这个消息后十分后悔，如果按照法理来讲，只有朱伦奎才是朱由崧的合法继承人，可是现在已经是这个样子，没办法陈子龙只能认命了。
接下来就是潞王与绍武朝廷的扯皮，两方越说越僵，没办法只好打一仗了。一开始陈子龙并不认为潞王一方能赢，可是没想到绍武皇帝的军队节节败退，从苏州外围一直退到镇江，这就让陈子龙大
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