近江，比睿山延历寺也暗中支持。细川政元快速地察觉了延历寺的行为，立刻转移行动，命赤泽朝经和波波伯部宗量对延历寺采用了大规模火攻，这次行动把根本中堂、大讲堂、常行堂、法华堂、延命院、四王院、经藏、钟楼等山上的主要伽蓝尽数烧毁。
赤泽朝经乘势向河内国举兵击破畠山尚顺，畠山尚顺尚顺逃往大和国。细川政元以同样的气势进攻大和国。追击筒井顺贤、十市远治等国人众，火攻喜光寺、法华寺、西大寺、额安寺，占领了大和北部。赤泽朝经的一连串动作使细川家族的版图大幅扩大。自此，细川家族开始掌控日本，权倾一时，而后柏原天皇则在细川政元的阴影下登基。
永正元年（1504年），摄津守护代药师寺元一谋反，被细川政元血腥镇压。永正三年（1506年）讨伐河内的畠山义英（义丰之子）和畠山尚顺，赤泽朝经再度被派遣，返回大和国展开侵攻。所以现在的后柏原天皇根本没人搭理，是死是活也没人在意。
后柏原天皇一直视父亲后土御门天皇是皇室的耻辱，父亲在位时，朝政荒废，皇室的领地遭到各地大名的侵吞，朝廷收入大幅锐减。而在朝廷内部，传奏日野胜光和大御所夫人日野富子专横跋扈，天皇的地位仿佛傀儡一样。
后土御门天皇生前数度表示退位的意愿。文明六年（1474）到十一年他四度提出退位，在朝臣一条兼良和皇太子胜仁的劝说下才作罢。而幕府再三拒绝后土御门天皇让位的请求，其实是担心营建上皇宫邸和举行皇位继承仪式会给乱世的财政带来困窘。
明应三年（1494），室町幕府管领细川政元无视后土御门天皇的意旨废立幕府将军，心灰意冷的后土御门天皇第五次提出退位，在周围旁人痛哭挽留下再度作罢。明应九年后土御门天皇崩，室町幕府迟迟不肯支付大葬费。
后土御门天皇遗骸在宫中放置了整整四十三天，都还无力下葬。最后葬于深草北陵，而在般舟院陵也安置了部份骨灰。这件事深深刺激了后柏原天皇，也深以为耻，他内心中无比痛恨幕府，虽说他登基也没有仪式，但比起父亲久久不能入土为安，这件事如鲠在喉，时常午夜梦回中刺醒他。
周建平收到牟斌的命令后并不觉得奇怪，他自认为军情处也没有人比他更适合筹划日本，自从进入朝鲜后，他就安排了人员假扮成商人去与日本进行贸易，现在手上也汇聚了一些日本的情报。这段时间忙于朝鲜的事情，他也没有去整理这些情报，现在命令下来了，朝鲜的事情也走上了正轨，他可以抽
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