茅山术的阵法分为“外阵”与“内阵”，顾名思义，“外阵”是借用地理地势与施法材料施于外界的阵法，而“内阵”则是布在人身上的阵法，这毒鳞阵便是内阵的一种。
在茅山的理论中，人在过于痛苦的时候，魂魄会暂时离体，这就造成了所谓的休克，这时即使人还活着也会丧失意志，而在战场上，很多人仅仅被砍了一刀就倒下了，也正是这种因痛苦所导致的“失魂”现象所致，实际上，这些倒下的人并没有死，而仅仅是休克或昏厥而已。
毒鳞阵的目的，便是杜绝这种在战场上因伤痛而“失魂”的现象，其原理是先用烧红的烙铁烫焦人体七脉后，将一种名为“琵琶鱼*”的鱼鳞嵌入七脉的焦肉之中，待伤好后鱼鳞于皮肉即合为一体，所以这种阵发又称为“琵琶鱼阵”。这“琵琶鱼”本生于深海，阴气远重于其他鱼类，其鳞生入七脉之后，因阴阳相吸的原理，可以减缓七脉的阳气循环，打乱人体正常的阴阳气脉，一来可以让人体七脉穴位周围的表层皮肤迅速进入医学上的“坏死”状态从而迅速“角质化”，不具刀枪，二来则更可以阻止魂魄轻易出窍，有效防止人体的短暂性休克，被施以毒鳞阵的将士，无异于金刚不坏之身，“任遍体鳞伤而不减其勇”，在冷兵器时代，倘若整个部队都被施了这种阵法，其战斗力是可想而知的。
理论上讲，像茅山这样的名门正教，是不会主动去发明这种邪门阵法的，但古代人毕竟是义字当头、爱国心切。虽说已身入道门，但当时的掌教高云曲真仍是以大明子民的身份示众，碰上外族入侵，尽己所能也自然是义不容辞，这也是为什么到了后来。闯王李自成起义时高云曲并未向朝廷进献毒鳞阵的原因：都是中国人，就算北京城被李自成端了，也是你崇祯皇帝自找的，这种阵法本也不是为了对付大明朝自己人而发明的…
吴三桂放清兵入关的时候，高云曲本想把这种阵法献给李自成用以抗满，但当时的情况远非袁崇焕抗满打持久战时可比：这琵琶鱼本属深海鱼类。以当时的渔业技术，根本不可能进行大规模捕捞，全国沿海一年能瞎猫碰死耗子捕到几条就算不错，而满人被吴三桂放入关后势如破竹，短短几个月时间。还没等沿海地带有人捕到琵琶鱼，李自成就战败了，所以这种阵法也便被两位真人列为了禁阵，阵图虽未被销毁，但在两派祖庭也绝对是一直处于保密状态。
到了清末，八国联军打北京的时候，义和团曾经打着“神道相助、刀枪不入”的口号和洋人作战，且传言义和团的一些高层似乎真的能做到所谓
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