死战不退, 杉浦玄任见己方在短时间内无法击溃面前这支上杉军后只能下令退回城中，从长计议。
毕竟一向一揆军的成分鱼龙混杂, 在混战之中根本无法有效进行令行禁止。很快，后退就演变成了溃退。
最后，士气高昂的上杉军尾随追击正在溃败的一向一揆军，接连讨取了一千余人。而剩余的一向一揆军更是丢盔弃甲，大败而逃。
瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人为了接应己方的败军只好率军出城，可是他们万万没有想到作为一向一揆众悍将的杉浦玄任竟然会败得如此之快。
才率军出城不久的瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人，在药胜寺池附近就遇上了前来支援小岛贞兴、安田景元等人的福王寺孝重。
瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人只好在仓促之下应战，付出了伤亡三千余人的代价后，总算成功接应杉浦玄任退回了城内。
经此一役后，一向一揆众诸将再也没有人提出要出城迎战上杉军了。在一个月之后，火宫城内的一向一揆军就因为断绝粮草而饿死了十分之七八。
天文二十一年，三月三十日。
上杉军对火宫城发起了勐攻，由于长时间的缺粮而疲惫不堪的一向一揆军连武器都拿不动，更不要说让他们站起来迎战凶神恶煞一般的上杉军了。
很快，小岛贞兴就率先带着虎捷军一百名步卒攀上火宫城三之丸，几乎没有遇到任何抵抗，就顺利的将大手门打开了。
随着上杉军如同潮水一般涌入火宫城后，便对城内仅剩下的一向一揆军挥舞着屠刀。还不到一个时辰的时间，上杉军便将火宫城攻落。
而走投无路的杉浦玄任、瑞泉寺证心、胜兴寺显荣、杉谷四郎左卫门、愿成寺连寿、若林长门守、黑濑扫部允等加贺、越中两国一向一揆众重要首领皆在混战之中被上杉军所讨取，无一人逃出火宫城。
从天文二十年十二月开始的这场越中纷乱至此结束, 历时三个多月。
之后，饭久保城城主狩野良政、木舟城城主石黑成纲等原先站在一向一揆众一方的西越中国人领主们纷纷向上杉军投降，并且主动担任上杉军的先导役，攻入砺波郡。
由于先前西越中的一向一揆门徒众们大都前去追随瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人出阵越中腹地，导致留守在瑞泉寺的瑞泉寺显秀（瑞泉寺证心之子）手中兵不过千，根本无法抵御兵锋正盛的上杉军。在万般无奈之下，瑞泉寺显秀就只好放弃瑞泉寺，仅带着坊官、僧兵等百余人逃往加
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