由于近代将明清“开海”作为政治正确的观点之一，被划为“禁海派”的朱纨在后世的评价并不算高。
但从皇帝的角度来看，朱纨确实是嘉靖朝一名清正肯干的贤臣。
在隆庆开海前，闽、浙两省由于长期海禁，民间海外贸易作为违法行为，一直处于偷偷摸摸、暗地里发展的尴尬境地。
而当时中国沿海地区的各个阶层，无论穷富和职业，皆与海上对外贸易利益相关。
在此情况下，不少沿海商民只有公然违抗法令，私自出海贸易，有些甚至不惜勾结“夷人”和“倭寇”，并诉诸武力，引发了著名的“嘉靖倭乱”。
嘉靖二十六年，一伙三百四十多人的福清私商泛海通番，明廷谕查劾海道官员，朱纨便因此被任命巡抚浙江兼管福建海道，并提督军务。
朱纨到任后，发现海防松弛，不堪入目，昔日战舰十不存一，兵额严重不足，漳州、泉州那么大一片海域，从前旧额是二千五百人，到嘉靖二十六年仅剩一半都不到，且多为老弱残兵。
于是他着力整顿海防官军、厉行海禁、拆毁违式大船，革绝渡船，严格保甲，搜捕奸民。
同时又派遣都指挥卢镗领兵，一举捣毁双屿岛的走私贸易巢穴，卢镗率福清兵奋勇杀敌，很快就讨平了盘踞于覆鼎已一带的倭寇，并在九山洋水战中打败王直。
接着，明军在双屿筑置堡垒，擒斩真假倭寇不少，连大盗李光头也落网被杀。
当时整个帝国都知道，所谓的“倭乱”，绝大多数是亦商亦盗、以海外贸易为生的浙闽两省人，只有极少数的日本浪人参与其中，而且这些日本人往往受雇于中国大海商。
而朱纨在给朝廷报捷的奏疏中，公然指责浙闽两省的世家大族与“倭寇”有勾结，并在疏中愤然明言，“去外国盗易，去中国盗难；去中国濒海盗犹易，去中国衣冠之盗尤难”。
这项指控，相当于在浙江、福建沿海的豪强家族中扔下一颗巨型炸弹。
由于福建、浙江两省的沿海豪民皆在朝中有代理人，两省的豪门大族，立刻动用家族中所有的官场资源，对朱纨展开了强烈反击。
浙闽籍的朝廷言官纷纷弹劾朱纨，一方面说被俘的海盗都是良民，不是贼党，更不是倭寇，要求从轻发落。
另一方面说朱纨污蔑浙闽士人，惑乱视听，并上奏说朱纨巡抚浙江兼管福建海防的职权过于繁重，请求明世宗改巡抚为巡视，从而削减了朱纨的权力。
之后又有
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