九月底，率部回到济南府城的山东巡抚颜继祖站在一片废墟上，不禁恼怒的咒骂了起来，周围的明军将佐不敢应声，只好站得远远的。
颜继祖字绳其，号同兰，是明龙溪县人，万历四十七年的进士。
此番清兵入寇，颜继祖身为山东巡抚，总览山东一地的兵马钱粮，自然首当其冲，原本就报了死战到底的决心，在准备集结各地兵马在青州府、济南府一带布防，阻击清军于北面，防止清兵南下糜烂山东腹地。
可是兵部尚书杨嗣昌对于时局判断错误，先后下令颜继祖率部移防各地，最后才命其率部驻防德州。颜继祖这一标兵马只有三千人，原本是准备用来守城的，可是却在不到一个月的时间内，被兵部调来调去，不断换防了三次，最终人困马乏，还被清军偷袭了济南府。
期间，颜继祖知道山东的兵马不堪大用，于是几次上书兵部，要求朝廷调集各处兵马驰援山东，可是却没有等来任何援兵，就连山东总兵刘泽清也不愿意率部回援济南府，如此局面，让颜继祖愤慨不已。
此时颜继祖率部进驻济南府城，一面调集人马清理城中废墟，寻找幸存的百姓，并且行书周边州县，尽快迁移人口充实济南府城，同时颜继祖当即派出心腹，到各地核查此番各部的战绩。
“仗打成这样，本巡抚一定要让那些临阵畏敌者付出代价！”
颜继祖愤怒的怒吼着，被叫来的参将许桐珲抱拳领命。
许桐珲原本是颜继祖的家丁出身，后来被调往山东备倭都司登州营带兵，而后才又被调回自己身边，是颜继祖的心腹将领。
山东卫所的兵马制度与别处有些不同，因为山东直面大海，原本就面临倭寇的威胁，所以朝廷在山东原本的卫所制度上进行了一些微调。
各地百户所之上是千户所，千户所之上并不是都指挥使司，而是在永乐年间增设的即墨营、登州营、文登营这三个战兵营。刘衍所在的灵山卫就隶属于即墨营统管。
这三个营管辖山东全部二十四个卫所，即墨营管辖安东卫、灵山卫、鳌山卫、大嵩卫共四个卫和石臼、夏河寨、胶州、浮山、雄崖、海阳六个千户所；文登营管辖靖海卫、成山卫、威海卫、宁海卫四个卫和四个千户所；登州营管辖登州卫、莱州卫、青州卫三个卫和三个千户所。营中设参将、指挥同知、指挥佥事等武职官员。参将为各营长官，与指挥同知、指挥佥事共同掌管总营事。这样在山东半岛东部先后设立完善了营、卫、所防御的军事体系。
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