次年后醍醐天皇到达隐岐岛。但是当时倒幕的势力，比如护良亲王、河内国的楠木正成、播磨国的赤松则村等人，都活跃于日本各地，纷纷表示效忠于后醍醐，并且号召各地反幕府势力集结起来打倒镰仓幕府。
于是元弘三年后醍醐天皇在名和长年等人的帮助下逃离隐岐岛，逃至伯耆国船上山举兵讨幕。镰仓幕府的执权（镰仓幕府自从初代将军源赖朝之后，就是北条氏专权，将军也被北条家架空，其首领称为执权）北条守时派遣将领足利高氏前往征讨，但是足利高氏带着大军向那里进发的时候，因为一直早就心怀野心，却倒向了后醍醐一方，举起了尊皇讨逆的大旗。
足利高氏的军队攻陷了幕府的六波罗探题，然后一路向幕府进军，此后新田义贞在东国举兵，攻陷镰仓，北条氏和镰仓幕府就这样一起灭亡了。
回到京都的后醍醐天皇同时废除了幕府和摄关制度，建立了天皇独裁政权，由天皇自行任免官职，这就是之前历史上的建武新政。建武新政表面上是复古，事实上建立了天皇****政权，并且排斥武家，一般只重用公家之人。
然而，足利高氏（这个时候已经被天皇赐名为足利尊氏）的野心却并没有因为镰仓幕府的垮台而熄灭，他想的并不是做天皇下的忠臣，而是想要效仿源赖朝，自己也做架空朝廷的将军。他趁着后醍醐这一番激进改革、失去了武士们和一部分贵族势力的支持的机会，再度举兵，很快就打进了京都。
足利军入京后，后醍醐天皇曾逃往比睿山抵抗，但是足利尊氏建议达成和解，后醍醐天皇将三神器交出，并且幽禁了后醍醐天皇，再度宣布废掉他的天皇之位。
然而后醍醐天皇还是没有放弃，他再度找机会逃出了幽禁他的地方，然后声称交给足利尊氏的三神器是赝品，自己本人逃到了大和国的吉野，然后开设南朝朝廷，将足利尊氏等人指为朝敌，从此开始了日本的南北朝时代。
在新田义贞、怀良亲王等等将领的支持下，后醍醐天皇暂时维持住了朝廷的安稳，并且在几年后死去，死时还遗命继承自己皇位的后村上天皇“讨灭朝敌、夺回京都”。
然而，世事不如他所愿，南朝相比北朝来说，资源和军力都太过于弱小了，经过了六十年当中多次战争攻防后，南朝的势力日渐衰退，再也难以抵抗室町幕府的攻击，最后终于南朝后龟山天皇把自己宣称是真货的三神器交还给了北 天皇，结束了南北朝时代。当时的幕府将军足利义满也成为了源赖朝之后日本最有势力的武家长
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