之后就是真嗣四岁的时候，2005年，基于零号机开发经验制作的初号机制作完毕。在初号机上，碇唯调整了操作系统，希望以成人为操作员驾驭EVA
这个在当时是不成熟的想法，因为对AT立场的研究表明，这是一种精神力量通过S2机关转化为物理能量的立场。这么一个东西就是越偏执杂念越少的人就越强大，理论上来说婴儿最厉害
但婴儿不可能操控得了这玩意，儿童也不行，而成人因为杂念过多也不行，所以那个时候选择的战斗人员就已经锁定了，十二至十六岁的少年，最多最多不能超过十八岁，而且从十岁左右就要开始训练了
碇唯就不信这个邪，她想要依靠自己的力量来扭转这样的一个情况，毕竟是和使徒的战争，交给成年人来就可以了。碇源堂这个时候是支持妻子的，然后就出了大事
碇唯的操作系统和她想要保护孩子的想法，的确和EVA达成了一致，同步率超过了百分之百，碇唯被量子化消失融入了初号机中，这就是初号机没电就无敌和护子狂魔的真正原因
而在妻子因为这个研究消失之后，碇源堂陷入了魔障。因为碇唯的想法和行为，在其他人那边包括冬月副司令那边都不是太同意，因为大家都觉得不可能，但是碇源堂同意了
他是个不墨守成规并且非常胆大的人，也正是这份心和这份支持，媳妇没了，然后一下子他就懵逼了。碇源堂疯魔了，他开始疯狂的研究死海文书，并且破解了很多东西，再把工作当做第一位，疯狂工作，忘却悲痛
疯狂工作带来了迅速的升职，在升职的过程中，他和冬月耕造达成了秘密共识，决定复活碇唯，这就是绫波丽的来历。但是他结合死海文书添加了一些私货，绫波丽的实际灵魂是莉莉丝的灵魂
这件事连冬月耕造都不清楚，而碇源堂之所以这么做，就是因为他发现碇唯的灵魂在初号机内，那如果没有灵魂的话， 复活的也就不可能是他的妻子
另一方面出于利用，他和赤木直子有身体关系，在绫波丽的第一个人造人培养成功之后，他指使绫波丽一号对赤木直子说了原作里的那番话，利用赤木直子的心里问题杀死了这个女人
因为在死海文书方面的研究贡献，逐渐被SEELE组织核心承认，终于在2010年，SEELE核心扩大到13人，第十三人就是碇源堂
然后在SEELE的支持下，碇源堂成为了联合国日本代表，发表了一部分死海文书研究成果，提出日本战场计划，成立
本章未完，请点击下一页继续阅读！